Pedro José Nunes nasceu em Ibitirama, ES, em 1962. Nesse mesmo ano, sua família retornou a São José do Calçado, e lá ele residiu até os 19 anos, quando se mudou definitivamente para Vitória. Formou-se em Letras pela Universidade Federal do Espírito Santo.
Embora tenha feito os primeiros estudos no Grupo Escolar Manoel Franco, foi alfabetizado pela mãe, dona Anna, aos seis anos, e desde então não largou os livros. Estreou na literatura em 1987, quando, entre quase dois mil escritores de todo o país, foi selecionado com o conto Sereia para participar na antologia Jovens contos eróticos, da editora Brasiliense. Em 1993 surgiu com Aninhanha, livro que precedeu Vilarejo e outras histórias, seu maior êxito, leitura obrigatória no vestibular da Ufes de 1995 e 1996.
Escritor premiado, em 1992 recebeu o Prêmio Almeida Cousin para escritor revelação. Em 1998, com o romance inédito Menino, recebeu o Prêmio de Romance Virgínia Tamanini, da Secretaria de Cultura do Espírito Santo. O romance apareceu em livro em 2000 e em 2005 saiu a 2ª edição. Nesse mesmo ano, o livro entrou para o programa de leitura da Secretaria de Educação do Espírito Santo. O enredo é baseado na infância do autor em São José do Calçado e é uma biografia de parte daquela cidade sob a lente de um imparcial menino-observador. Em 2012 o livro foi publicado em tiragem de 70.000 exemplares para o projeto Nossolivro. Recebeu o Prêmio Secult para Literatura Infanto-Juvenil pelo livro infantil A pulga e o jesuíta, uma fantasia sobre a inauguração da Igreja e Residência Reis Magos, em 1615, em Nova Almeida, ES. O livro foi publicado em 2010.
Em 2008 criou, com Luiz Guilherme Santos Neves, a coleção Memória Capixaba, dedicada a temas de interesse da história e da cultura do Espírito Santo, com publicação de livros e DVDs.
Sua obra literária inclui diversos outros livros e publicações em revistas e jornais do Espírito Santo.
É autor dos documentários em vídeo Caleidoscópio do folclore capixaba (com Luiz Guilherme Santos Neves), encartado no livro Breviário do folclore capixaba, Sabalogos (publicado no site Tertúlia) e Parque Moscoso: um parque centenário, publicado em DVD pela Editora Formar em 2012.
É sócio do Instituto Histórico e Geográfico do Espírito Santo e membro da Academia Espírito-santense de Letras.
Igreja e Residência Reis Magos - texto e fotografia
Prefácio do livro A rainha que piava, de João Bonino Moreira
Os mamíferos: biografia de uma geração
Ruínas da Igreja de São José do Queimado (vídeo)
Escritores Adilson Vilaça e Pedro J. Nunes visitam escola em Santa Maria de Jetibá (vídeo)
Escritor & livro: Menino (vídeo)
Biblioteca Pública do Espírito Santo (vídeo)
Palestra de Pedro J. Nunes sobre o romance Menino (vídeo)
Resenha do livro Aninhanha, de Pedro J. Nunes - Simone Baptista
O sábio e o ingênuo 2: ou o que há de novo sob o céu - Francisco Grijó
Aninhanha, de Pedro J. Nunes - Francisco Aurélio Ribeiro
Pedro J. Nunes e o livro A pulga e o jesuíta - Luiz Guilherme Santos Neves
Memórias de Você - Joca Simonetti
Aninhanha, uma história de amor sem palavras de amor - Karina Fleury
Escritores Pedro J. Nunes e Wilson Coelho em Irupi
O neobarroco em Aninhanha - Josina Nunes Drumond
Memória e sentimento - Marcela Guimarães Neves
Menino - Marcela Guimarães Neves
Aninhanha, uma tragédia do feminino - Andréa Gimenez Mascarenhas
Escritores-residentes no Espírito Santo